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독도 주변 해역은 동한난류와 북한한류의 영향을 동시에 받아 해조류 서식에 적합한 환경을 갖고 있다. 독도에서 관찰·보고된 해조류는 녹조류 6과 7속 26종, 갈조류 13과 27속 54종, 홍조류 32과 81속 152종을 포함하여 총 232종에 달한다. 홍조류 중 석회조류 군집은 조간대와 조하대 전역에 걸쳐 안정된 상태를 유지하고 있으며, 녹조류 군집 또한 큰 변동을 보이지 않는 것으로 확인되었다. 그러나 가제바위와 흑돔굴 인근에서 감태와 대황으로 이루어진 갈조류 해중림의 밀도 감소가 발견되어 모니터링을 지속하고 있다.
독도의 해양무척추동물 생물다양성 연구를 위해 2009년부터 2024년까지 수행된 독도 연안 장기생태모니터링 연구, 서식지 영상합성 지도 제작 연구, 해양보호생물 분포 조사에서 출현한 초대형 무척추동물을 대상으로 종 목록을 작성한 결과 총 9문 18강 48목 103과 142속 171종이 발견되었다. 이중 연체동물 문에서 가장 다양한 종이 출현하였으며, 다음으로는 절지동물·극피동물·자포동물 순으로 종수가 높게 나타났다. 특히 서도의 서측 수심 25m 부근에서는 나무돌산호과에 속하는 유착나무돌산호의 국내 최대군집(폭 5m, 높이 3.3m)이 발견되어 정기적으로 모니터링하고 있다. 유착나무돌산호는 남해안의 청정해역에서 흔히 발견되던 종이었으나, 최근 지속적으로 서식지가 감소함에 따라 해양보호생물(해양수산부 지정)과 멸종위기 야생생물 Ⅱ급(환경부 지정)으로 지정·관리되고 있다.
2024년 기준 연안 암반 조사를 통해 해면동물 3종, 자포동물 11종, 편형동물 1종, 추형동물 1종, 유형동물 1종, 연체동물 102종, 절지동물 27종, 환형동물 2종, 극피동물 23종 등을 포함하여 총 171종의 해양무척추동물이 독도에서 발견되었다.
독도 해역의 연성 퇴적물에 서식하는 대형저서동물은 수심이 얕은 독도 근접 해역과 수심 200m 이상 심해로 이루어진 외해역 영향을 모두 받고 있다. 2017년부터 2024년까지 독도 해역의 연성 퇴적물에 출현한 대형저서동물은 멜리타옆새우류와 흰점염주발갯지렁이 등을 포함하여 총 639종으로 동해 연안해역과 비슷한 종다양성 지수를 보인다. 독도 해역의 연성 퇴적물에 서식하는 대형저서동물의 군집구조는 수심이 100m 이내인 ‘근접 해역’, 100∼200m 수심의 ‘주변 해역’, 200m 이상의 심해로 이루어진 ‘외해역’에서 각각 다른 특성을 나타내고 있다. 즉, ‘근접 해역’에 서식하는 대형저서동물은 계절적인 영향을 받아 변동성을 보이지만, 수심이 어느 정도 깊어지는 ‘주변 해역’과 ‘외해역’의 경우 울릉도와의 지역적인 차이는 있지만 일정한 군집구조를 유지하고 있다. 한편, ‘근접 해역’에 서식하는 대형저서동물의 먹이 습성은 주로 육식성인데 반해, ‘주변 해역’과 ‘외해역’에 출현하는 대형저서동물의 먹이 습성은 수층에서 공급되는 유기물을 먹이원으로 하는 퇴적물의 식성을 보인다. 따라서 퇴적물의 총 유기탄소와 퇴적물의 입도가 군집구조에 영향을 주고 있음을 알 수 있다.
독도 주변 해역은 우리나라의 일반적인 연안과는 다른 독특한 심해 해산 환경 특성으로 인해 높은 생태적 가치를 지니며 해양저서 퇴적물 틈에서 살아가는 중형저서생물에게 다양한 서식 환경을 제공한다. 독도 주변 해역의 중형저서생물은 일반 국내 연안에 비해 서식밀도가 더 높으며 상위 우점분류군은 선형동물, 저서성 요각류, 갑각류의 유생, 저서유공충류, 다모류, 복모동물, 동문동물 등이다. 독도 근접 연안 해역에서 나타나는 중형저서생물은 독도 주변 외해 심해역에서 출현하는 중형저서생물에 비해 서식밀도는 조금 낮으나, 다양성 및 생체량은 독도 근접 연안 해역이 더 높은 경향을 보인다. 2008년부터 2024년까지 장기적인 모니터링이 진행되고 있는 독도 주변 심해 지역은 중형저서생물의 연간 생체량과 생물량, 출현 분류군 수가 매년 조금씩 증가하는 추세를 보인다.
독도 주변 해역은 동한난류와 북한한류, 그리고 난수성 소용돌이가 상존하여 끊임없이 변화하는 곳이다. 독도가 위치한 동해 울릉분지의 기후 및 환경 변화에 따른 생물 탄소 순환과 생물 생산력 변동의 이해는 부유생물(동물/식물플랑크톤)의 현황과 장기적인 출현 특성을 파악하는 것에서 시작된다.
지난 19년(2006년~2024년) 동안, 독도 주변 해역에서 채집 및 관찰된 동물플랑크톤은 25개 분류군, 16개 속, 132개 종과 11개 유생이었고, 요각류가 가장 다양하였다(116종). 출현한 동물플랑크톤 총 개체수는 점진적인 증가경향을 나타냈다(2006~2015년: 평균 4,350 개체/㎥, 2017~2019년: 평균 4,239 개체/㎥, 2021~2024년: 평균 6,193 개체/㎥). 우점 출현한 분류군은 겨울과 봄철에 요각류와 유형류였고, 여름철에는 탈리아류, 지각류, 그리고 야광충이었다. 특히, 야광충의 점유율이 점차 증가하였으며, 크기와 형태가 야광충과 흡사한 아열대 플랑크톤이 관찰되었다.
식물플랑크톤의 경우에는 아열대 와편모조류가 빈번히 관찰되었다. 특히 쿠로시오 난류의 영향을 더 강하게 받는 여름철과 가을철에 아열대 와편모조류가 다양하게 높은 밀도로 출현하였다. 또한, 장기적인 누적자료를 토대로, 초미세플랑크톤(2㎛ 미만)의 비율도 점진적으로 증가하고 있어, 아열대 환경 특성이 점점 더 뚜렷해짐을 알 수 있었다.
따라서, 독도 주변 해역에서 아열대 부유생물의 출현과 기존 부유생물 군집의 변화를 고려한 현장방문 및 관찰이 지속적으로 요구된다.
독도 연안에서 확인된 어류는 약 200여 종에 달하나 해류와 수온 변화에 따라 관찰되는 어종이 달라진다. 봄에 관찰되는 어종은 대략 15종에 불과하나 수온이 상승하는 여름과 가을을 거치며 60~80여 종으로 증가한다. 암반이 발달한 곳에는 자리돔, 혹돔, 망상어, 띠볼락, 개볼락, 말쥐치, 놀래기, 복섬, 가막베도라치 등이 서식하며, 동도와 서도 사이 수심이 얕은 해조숲에서는 벵에돔, 돌돔, 망상어, 가시망둑 및 볼락 등 정착성 물고기들의 유어와 치어가 서식한다. 그러나 최근 동해에서 수온 상승의 영향으로 참다랑어, 방어, 자리돔, 파랑돔 등 난류성 어종의 출현량이 증가하는 추세를 보였다.
역사적으로 ‘가지어’ 또는 ‘가제’로도 불렸던 강치가 독도에 서식했던 대표적인 해양 포유동물이다. 그러나 일제강점기 일본 어부들의 남획으로 그 수가 줄어들어 1990년대 중반 절멸종으로 분류되었다. 지금은 점박이물범, 큰바다사자, 물개 등이 울릉도와 독도 인근에서 가끔 목격되고 있다.