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460 만 년 전의 동해, 수심 2,000m 해저면에서 화산활동이 시작되어 수백 만 년에 걸쳐 독도를 형성하였다. 독도 화산체가 수면 위로 드러난 것은 약 250만년전으로, 대규모로 분출된 용암과 입자들이 굳어져 독도해산 위에 독도 화산체가 형성되었다. 이 시기 이후로도 소규모 분출 및 관입(貫入)의 흔적이 있으나, 전체적으로 침식작용이 우세하였고, 수면 위로 드러났던 독도 화산체의 대부분이 침식되어 현재의 형상이 남아 있는 것으로 추정된다.
< 독도 화산체 3차원 지형도 및 해수면 위 동도와 서도 >
독도는 동해 울릉분지의 북동쪽에 위치한 해저 화산체로 수면 위에는 동도와 서도 및 주변의 89개 부속 도서들이 드러나 있다. 동도와 서도는 151m의 폭으로 떨어져 있다. 해수면 위로 확인 가능한 독도의 높이는 동도 98.6m, 서도 168.5m 정도이다. 하지만 해저 기저부부터 독도 해저 화산체의 전체 규모를 따지면 독도의 높이는 약 2,300m에 이른다. 독도의 육지 면적은 0.2㎢에 불과하지만, 수심 200m까지의 대륙붕은 이 육지 면적의 420배인 84.6㎢이며 수심 2,000m 독도해산 기저부 면적은 육지 면적의 3,500배인 707㎢에 달한다. 독도에서 나타나는 대표적인 화산지형으로는 주상절리(柱狀節理)와 탄낭(彈囊) 구조가 있다.
주상절리는 주로 서도에서 나타나며 주된 암상은 조면안산암이다. 탄낭 구조는 화산암괴가 퇴적이 진행 중인 지층 위로 떨어져 박혀 형성된 주머니 모양의 탄낭이 나타나는 지층이며 동도 남동 사면 해안절벽 상부퇴적층에서 볼 수 있다. 독도의 대표적인 해안지형으로는 해식애, 파식대, 해식동, 시아치, 시스택, 자갈해안이 있다. 서도 북서쪽 해안에 위치한 물골은 서도 하단부의 조면암 내 교차절리에 의해 생성된 동굴로, 바위에서 조금씩 떨어지는 물은 해수 담수화 시설이 설치되기 이전까지 독도의 식수원으로 활용되었다.
독도는 화산활동에 의하여 분출된 현무암과 조면암으로 이루어져있다. 토양은 산 정상부에서 풍화하여 생성된 잔적토이며 사질양토이다. 토심은 깊은 곳이 60cm 이상인 곳도 있으나 대부분 30cm 미만 토양입자가 식물뿌리에 밀착되어 있어 토양유실의 가능성은 낮다. 다만, 서도에서 일부 토양유실현상이 관찰되는 경우도 있다. 독도의 토양은 점토, 미사, 모래가 약 1:4:5의 비율로 구성되어 있다. 독도 토양은 산도가 일정하지 않아 안정된 산림이 형성되지 않았으며 계절에 따라 pH3.36~8.02로 식생이 크게 변화한다. 이는 집단으로 서식하는 괭이갈매기의 배설물이 토양산도에 큰 영향을 미치기 때문인 것으로 추정된다.